Mientras el sindicalismo peronista legitimizó al nuevo gobierno, la oposición histórica integrada por los socialistas, radicales, independientes y anarcosindicalistas se había convertido en “oficialista” y comenzó a ocupar sindicatos. La actitud de la CGT fue “reprobar” esa ocupación al tiempo que exigió elecciones libres.
Evidentemente, la cúpula de la CGT trató de adaptarse a la posición del gobierno en favor de la “democracia sindical” pero, al mismo tiempo, buscó reagrupar las fuerzas peronistas para resistir. En ese marco, la primera línea de los dirigentes sindicales peronistas del Consejo Directivo renunció en un gesto conciliador y la conducción de la central obrera quedó en manos del textil Andrés Framini y Luis Natalini, de Luz y Fuerza.
El 6 de octubre de 1955, el gobierno acordó con la CGT sobre las siguientes bases:
- Reconocimiento de sus autoridades.
- Convocatoria a elecciones en las uniones y federaciones en 120 días.
- Amnistía sindical.
- Interventores “imparciales” en los sindicatos ocupados.
- “Normalizar” la CGT después de las elecciones en las elecciones en las organizaciones sindicales.
Respecto de este pacto, los nacionalistas y los liberales estaban unidos por el mismo punto: despolitizar la CGT fomentando un sindicalismo identificado con el peronismo pero que no actuaría en política. Se trataba de alcanzar un sindicalismo gremialista quebrando al peronista político, la "columna vertebral" del Movimiento.
En ese sentido, el gobierno anuló el Preámbulo del estatuto de la CGT en el cuál la central obrera adoptaba como filosofía sindical la Doctrina Peronista. La dirección provisoria de la confederación aceptó esa anulación y también que el 17 de Octubre fuese día laboral.
Los líderes cegetistas dialogaron con Lonardi y Cerruti Costa con la intención de abrir una brecha entre nacionalistas y liberales y exigieron al Gobierno que los interventores de los sindicatos cesaran de apoyar a la oposición sindical y frenaran las amenazas contra los dirigentes peronistas.
En tanto, la oposición sindical organizada en la Comisión Pro-Recuperación de los sindicatos libres y con hegemonía socialista exigió al ministro de Trabajo que “devolviese los sindicatos a los trabajadores democráticos”. Esta presión fue muy fuerte porque si bien el sindicalismo "democrático" antiperonista no contaba con el apoyo masivo de los trabajadores, tenía a su favor al sector liberal del gobierno que comenzó a desplazar a los nacionalistas.
Como resultado de la presión del sindicalismo democrático, Costa, pese a estar en desacuerdo, decidió confrontar con la CGT y comunicó a la central que las elecciones serían convocadas por el propio Ministerio de Trabajo.
La posición del Gobierno para normalizar a los sindicatos era inaceptable para el sindicalismo peronista que se vio obligado a iniciar una contraofensiva para impedir la implementación de las nuevas normas electorales y el 1 de noviembre amenazó al gobierno con realizar una huelga general.
Para los liberales, el comportamiento conciliador de Costa había permitido a la CGT, a menos de dos meses de la Revolución Libertadora, pasar de fuerza derrotada a amenazar al nuevo orden político con un paro. Así que los militares “gorilas” actuaron con rapidez y el mismo día para el que estaba anunciada la potencial huelga la Marina de Guerra ocupó el Ministerio de Trabajo con el objetivo claro de obligar a Costa a aplicar las normas electorales o renunciar.
El ministro de Trabajo restableció el diálogo con la CGT., neutralizó la ofensiva liberal y llegó a un compromiso con el sindicalismo peronista de mantener las autoridades de la central y nombrar con consulta a ella “los veedores militares y civiles” en 80 organizaciones sindicales que iban a realizar elecciones.
De esta manera Costa logró un “armisticio” entre el gobierno y el sindicalismo peronista pero resultó precario ya que comenzó dentro del gobierno una contraofensiva general para defenestrar a los nacionalistas. Así, el 11 de noviembre se constituyó la Junta Consultiva como órgano asesor del Gobierno y que estuvo presidida por el almirante Isaac Rojas y compuesta mayoritariamente por miembros de fuerzas antiperonistas: 4 socialistas, 4 conservadores, 4 demócratas progresistas, 4 radicales y 4 por dos partidos juntos que al principio apoyaron a los nacionalistas y luego se pasaron al “gorilismo” militante.
Finalmente, el 13 de noviembre Lonardi fue desalojado del poder y reemplazado por el general Pedro Eugenio Aramburu, líder del sector liberal del Ejército.
Luego de ascenso de Aramburu, el sindicalismo peronista trató de evitar la consolidación en el poder del bloque militar-civil liberal con una huelga para el 15, 16 y 17 de noviembre que intentó abarcar la defensa del sector nacionalista del Gobierno y el inicio de la lucha por el retorno del peronismo al poder.
La huelga carecía de posibilidades de éxito ya que la clase obrera estaba desmoralizada, el sindicalismo peronista estaba aislado y además carecía de apoyo político y militar. Por lo que la represión del Gobierno fue inmediata ocupándose sindicatos y detenido a cientos de dirigentes sindicales.
El 16 de noviembre, la huelga fue levantada por la CGT y así fracasó el primer intento del sindicalismo peronista de establecer alianzas con la corriente nacionalista-católica de las FF.AA. Además, la central obrera fue intervenida y un día después asumió el nuevo secretario general, un interventor militar, el capitán Patrón Laplacette.
A partir de entonces y hasta 1961, el sindicalismo peronista fue excluido de la conducción formal de la CGT y debió recurrir a la creación de direcciones clandestinas de varias centrales también clandestinas para tratar de conservar la dirección del movimiento sindical.
